Depozitar sistemi qiymətli kağızların sənədsizləşdirilməsi, saxlanılması, uçotu, onlarla təsbit edilmiş hüquqların təsdiqi, öhdəliklərlə yüklənməsi, qiymətli kağız mülkiyyətçilərinin hesablarının uçotunun aparılması, “İnvestisiya fondları haqqında” Azərbaycan Respublikasının Qanunu ilə müəyyən edilmiş qaydada pul hesablarının açılması, həmin hesablar üzrə əməliyyatlar aparılması və pul köçürmələrinin həyata keçirilməsi ilə əlaqədar mərkəzi depozitar və onun üzvləri arasında olan münasibətlər sistemidir. Depozitar fəaliyyəti “Qiymətli Kağızlar Bazarı haqqında“ və “İnvestisiya fondları haqqında” Azərbaycan Respublikasının Qanunları ilə tənzimlənir.
Mərkəzi depozitar onun üzvləri olan investisiya şirkətləri və investisiya fondunun depozitarları ilə birlikdə depozitar sistemini təşkil edir. Mərkəzi depozitar depozitar sistemini idarə edən Milli Depozit Mərkəzidir. Milli Depozit Mərkəzi Mərkəzi Bankın təsis etdiyi qeyri-kommersiya hüquqi şəxsdir. Mərkəzi depozitar qiymətli kağızlar üzrə ümümiləşdirilmiş məlumatı, onların mülkiyyətçiləri barədə məlumatlar istisna olmaqla, ictimaiyyət üçün açıqlamalıdır.
Mərkəzi depozitarın vəzifələri aşağıdakılardır: