Mərkəzi Bankın təşkilati strukturuna İdarə Heyəti, mərkəzi aparat və ərazi idarələri daxildir. Mərkəzi Bankın mərkəzi aparatı daxili audit bölməsindən, habelə İdarə Heyətinin müəyyən etdiyi digər struktur bölmələrdən ibarətdir. Mərkəzi Bankın mərkəzi aparatına daxil olan bütün struktur bölmələri və qurumları İdarə Heyəti tərəfindən təsdiq edilmiş əsasnamələrə uyğun olaraq fəaliyyət göstərir.
Mərkəzi Bank İdarə Heyəti tərəfindən idarə olunur.
Azərbaycan Respublikasının Konstitusiyasına əsasən Mərkəzi Bankın İdarə Heyətinin üzvləri Azərbaycan Respublikası Prezidentinin təqdimatı əsasında Azərbaycan Respublikasının Milli Məclisi tərəfindən, Mərkəzi Bankın sədri və müavinləri isə Mərkəzi Bankın İdarə Heyətinin üzvləri sırasından Azərbaycan Respublikası Prezidenti tərəfindən vəzifəyə təyin edilirlər.
Mərkəzi Bankın İdarə Heyətinin sədri Bankın icra strukturuna başçılıq edir və İdarə Heyətinə sədrlik edir, Mərkəzi Bankı təmsil edir, rəhbər heyət arasında vəzifə bölgüsünü aparır və Qanunun 24-cü maddəsinə əsasən İdarə Heyətinin səlahiyyətinə aid olmayan məsələləri həll edir.
Mərkəzi Bank ölkə regionlarında öz funksiyalarını yaratdığı ərazi idarələri vasitəsilə həyata keçirir. Naxçıvan Muxtar Respublikası İdarəsi daxil olmaqla hazırda ölkə ərazisində Mərkəzi Bankın altı ərazi idarəsi fəaliyyət göstərir.
Mərkəzi Bankın təşkilati strukturu